Административный центр района - село Устье.

Герб района утвержден 26 ноября 2001 года решением №82 Представительного собрания Усть-Кубинского муниципального района. Автор герба - Олег Свириденко (г.Вологда). Официальное описание герба:

"В зеленом поле - стоящая золотая рысь настороже. В лазоревой главе - два накрест положенных серебряных якоря, поверх которых - золотой лапчатый крест с удлиненным нижним плечом. В левой вольной части - герб Вологодской области".

"Рысь и зеленый фон символизируют местную фауну и лесные богатства района. Лазоревая глава символизирует озеро Кубенское. Два перекрещенных якоря символизируют речной порт Устье. Золотой крест напоминает о сказании об основании монастыря на острове Каменном. Ладью князя Глеба Васильковича в 1260 году озерный шторм выбросил на клочок земли среди бурных волн. Возблагодарив Бога за чудесное спасение, Глеб дал обет построить там монастырь - Спасо-Каменный"

Использованы материалы статьи О.Свириденко в газете "Русский север" (текст предоставлен Владимиром Марковым, Санкт-Петербург).
Использовано изображение герба на сайте http://www.cultinfo.ru/pasport/region/