Герб города утвержден Советом депутатов города Пущина на заседании 15 июня 1999 года решением № 172/43. Официальное описание герба согласно Положению о гербе:

"В червленом (красном) поле с включенной лазоревой (синей, голубой) главой, обременённой тремя (1 и 2) серебряными звездами о четырех больших лучах перемежаемых меньшими, поверх всего зеленый трилистник с заострёнными концами листьев с серебряными прожилками на серебряном стебле тонко окаймленный серебром".

Cеребряные звёзды символизируют радиоастрономическую обсерваторию Физического института им. П.Н.Лебедева, трилистник напоминает о том, что Пущино с 1956 года был научным городком АН СССР, центром биологических исследований. Цвет щита обозначает реку Оку, честь, красоту и добродетель.

Авторы герба: Анатолий Обоишев (г. Пущино), Константин Моченов (г.Химки), Сергей Исаев (г. Москва).

Использованы материалы сайта Администрации Пущино