Прежде на месте города находилось село Пертома. Но провинция уже тогда называлась "пошехонской", по древнему названию реки Шексны - Шехона. В 1708 году при разделе России на губернии пошехонская провинция приписана к Ингерманландской губернии, а по табели губерний 1719 года — к Санкт-Петербургской; в 1727 году включена в состав Ярославской провинции Московской губернии. В 1777 году село Пертома было переименовано в уездный город Пошехонье и вошло в созданное тогда же Ярославское наместничество. Город именовался Пошехонье до 1918 года.

Герб Пошехонья утвержден 20 июня 1778 года (закон №14765; 31 августа 1778) вместе с другими гербами городов Ярославского наместничества. Герб сочинен товарищем герольдмейстера фон Энденом.

"В золотом поле, накрест, две зеленые зубчатые полосы: посредине в серебряном щите герб Ярославского наместничества".

Использованы материалы статьи О.Рево в журнале "Наука и жизнь" №10, 1978

Герб и флаг Пошехонского муниципального округа утверждены Решением №272 Собрания депутатов округа от 24 августа 2000 года "О Положениях о Гербе и Флаге Пошехонского муниципального округа" Решение подписал Глава муниципального округа В.И. Барсуков. Согласно Положению о гербе (Приложение 2 к Уставу округа):

"Герб Пошехонского муниципального округа представляет собой изображение щита - золотистого поля с соотношением сторон 1 : 1,125, перекрещенного по диагонали зубчатыми полосами зеленого цвета. В середине, в серебряном щите, Герб Ярославской губернии - изображение медведя с секирой. Допускается воспроизведение Герба Пошехонского муниципального округа в черно-белом варианте"

Использованы материалы Аналитического центра Администрации Ярославской области