Ещё в начале 1990-х годов в прессе обсуждался альтернативный проект государственного флага, состоящий из трёх полос (малиновой - символ казачества, жёлтой и синей). Проект не получил поддержки официальных органов власти.

В конце 1990-х годов группа историков-энтузиастов разработала т.н. "флаг Малороссии". Это малиновое полотнище с косым белым крестом. Малиновое поле символизирует запорожских казаков, а крест - крещение Руси Андреем Первозванным.