Военно-морские силы Украины созданы 5 апреля 1992 года на базе части Черноморского флота бывшего СССР. До окончательного решения судьбы Черноморского флота предполагалось, что российские и украинские суда будут нести на корме белое полотнище с синей полосой по нижней кромке (то есть флаг ВМФ СССР, но без звезды, серпа и молота). Но, насколько известно автору, это начинание не встретило поддержки на флоте. Моряки посчитали позорным использовать этот белый флаг, лишённый национальности, да и к тому же очень похожий на белый флаг парламентёров, то есть флаг сдачи врагу. Российские корабли продолжали поднимать флаги ВМФ СССР, а украинские поначалу в качестве кормового - государственный флаг - сине-жёлтый.

Флаг военно-морских сил Украины создан по образцу военно-морского флага гетманата - белый с синим крестом, имеющим тонкие белую и синюю окантовки; в крыже национальные цвета.

Существовали проекты флагов без крыжа и с трезубцем в крыже. Они подавались на рассмотрение Министру обороны, но не были утверждены.

Гюйс повторяет национальный флаг.

Вспомогательные суда несут тёмно-синий флаг с военно-морским флажком в кантоне.

Спасательные суда несут такие же флаги, но дополненные в вольной части изображением водолазного шлема на белом круге.

Флаг министра обороны Украины повторяет кормовой флаг, но в центре помещён государственный герб - золотой трезубец на лазуревом поле, щит с трезубцем обрамлён золотой каймой.

Флаг Главнокомандующего вооружёнными силами сине-жёлтый с гербом в центре.

Командующий морских сил использует синий флаг с военно-морским флагом в кантоне и тремя белыми звёздами.

Заместитель командующего морских сил - такой же флаг с двумя белыми звёздами.

Командующий морским "регионом" - такой же флаг с одной белой звездой, смещённой к нижней кромке полотнища.

Командир группы кораблей поднимает флаг, аналогичный кормовому, но с двумя косицами.

Использованы материалы А.Басова (г.Минск)

По предложению военно-геральдической службы был создан штандарт командующего ВМС. Это белое квадратное полотнище, в центре которого эмблема флота - малиновый уширенный крест, в центре которого золотой трезубец на синем фоне, за крестом два скрещенных черных якоря.

Использованы материалы статьи А.Муравьева "Символика украинской армии" в "ВІЙСЬКОВО-ІСТОРИЧНОМ АЛЬМАНАХЕ", №3, 2001