На первом (возможно неофициальном) флаге Дубны изображалась композиция, объединяющая в себе изображения шестерни, кривой с экрана осциллографа, орбит электронов, элемента кремлёвской стены. Доподлинно вид флага автору не известен, на рисунке приведена его реконструкция.

В тексте использована информация официального сайта города Дубна (http://www.dubnagrad.bcd.ru/info/or_mes_s_ob_sved.html)

Согласно "Положению о флаге города Дубны Московской области":

3. Описание и обоснование символики флага города Дубны
3.1. Описание флага города Дубны:
"Флаг города Дубны представляет собой прямоугольно полотнище в соотношением ширины у длине 2:3, воспроизводящее гербовую композицию: на белом полотнище синяя выщербленная полоса в 1/4 ширины полотнища, из которой вырастает дуб того же цвета с зелёной кроной, обременённой жёлтым знаком атома, ниже которого - жёлтое остриё в 1/2 ширины полотнища".
3.2. Обоснование символики флага города Дубны.
Флаг по своему содержанию един и гармоничен: все фигуры символизируют город Дубну и его жителей как тружеников, привносящих огромный интеллектуальный, научный теоретический и практический вклад в его развитие. Главной же фигурой является дуб, символизирующий силу, мощь, уверенность, защиту, долговечность, мужество. Синий ствол дуба аллегорически показывает реку Дубну, впадающую в Волгу. Синий ствол дуба и его зелёная крона аллегорически показывают природные богатства, окружающие город и вместе с тем - неразрывную связь города с окружающей природой. Раскидистая крона дуба аллегорически говорит о богатой истории Дубненского края, символизирует вековую мудрость человечества. Зелёный цвет означает благородство, радость, честь, стабильность, а также экологию и здоровье. Синяя выщербленная полоса аллегорически показывает своеобразие географического расположения города на территории Московской области: по сути Дубна представляет собой остров, его границы очерчивают реки Волга, Дубна, Сестра, канал им. Москвы и Иваньковское водохранилище.
Синий цвет (лазурь) - символ истины, чести и добродетели, чистого неба и водных просторов. Город вырос из посёлка Дубно Калининской (ныне Тверской) области. Название связано с одноимённой рекой. В 1958 году название города было согласовано с названием реки - Дубна. История возникновения и развития современного наукограда - города Дубны тесно связана с процессом развития в нашей стране ядерной физики и физики элементарных частиц. Создание уникального сооружения - синхрофазотрона, мощного ускорителя заряженных частиц, позволило проводить исследования атомного ядра, открыть новые явления и законы строения материи. Дубна - центр фундаментальных исследований в области физики элементарных частиц и ядерной физики. Образование города связано с Международной межправительственной организацией "Объединённый институт ядерных исследований". В городе работают: ФГУП "Государственное машино-конструкторское бюро "Радуга", ОАО "Дубненский машиностроительный завод", ФГУП "Научно-исследовательский институт "Атолл", ОАО "Приборный завод "Тензор", Центр космической связи "Дубна", филиал НИИ ядерной физики МГУ имени М. В. Ломоносова, Государственный университет природы, общества и человека "Дубна", филиал Московского института радиотехники, электроники и автоматики; конструируется и производится ракетная и авиационная техника. Обо всём этом во флаге говорит геральдическая фигура - жёлтое узкое остриё - аллегория развития, устремления в будущее. Жёлтый цвет (золото) - символ прочности, силы, великодушия, богатства и интеллекта.
3.3. Авторская группа: идея флага: Константин Мочёнов (г. Химки), обоснование символики: Галина Туник (г. Москва), компьютерный дизайн: Юрий Коржик (г. Воронеж)".

Материалы городского сайта WWW.DUBNA.ORG