Герб и флаг муниципального образования утверждены решением муниципального Cобрания №14 27 мая 2004 года. Описание флага:

"Флаг муниципального образования Южнопортовое представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3.
В полотнище помещено изображение белого шанцевого стропила, ширина концов которого равна 1/20 длины (3/40 ширины) полотнища, а высота равна 5/8 ширины полотнища.
Верхняя часть полотнища разделена вертикально на две равновеликие части: прилегающую к древку красную и зеленую. Нижняя часть полотнища голубая.
В красной части полотнища помещено изображение развернутой желтой шкуры барана головой вверх. Габаритные размеры изображения составляют 1/4 длины и 1/2 ширины полотнища. Центр изображения находится на расстоянии 5/24 длины полотнища от бокового, прилегающего к древку, края полотнища, и на расстоянии 5/16 ширины полотнища от его верхнего края.
В зеленой части полотнища помещено изображение желтой ветви дуба. Габаритные размеры изображения составляют 1/4 длины и 1/2 ширины полотнища. Центр изображения находится на расстоянии 5/24 длины полотнища от бокового, противоположного древку, края полотнища, и на расстоянии 5/16 ширины полотнища от его верхнего края.
В голубой части полотнища помещено изображение желтого якоря. Габаритные размеры изображения составляют 1/4 длины и 7/16 ширины полотнища. Центр изображения равноудален от боковых краев полотнища, и находится на расстоянии 1/4 ширины полотнища от его нижнего края".

Золотые шкура барана и ветвь дуба символизируют местности Кожухово и Дубровку, составляющие территорию современного муниципального образования. Деревни Кожухово и Дубровка, известные с XIV века, вошли в состав города Москвы в 1917 и 1923 году. Шанцевое стропило как символ укрепления указывает на важную историческую роль Старого Симонова монастыря в деле защиты южных рубежей Москвы от набегов кочевников. Золотой речной якорь, символизируя прилегающий к территории муниципального образования Южный речной порт, указывает на наименование муниципального образования.

Использованы материалы официального сервера правительства Москвы