4 ноября 1930 года декретом ВЦИК и СНК образована Марийская автономная область. 5 декабря 1936 года область преобразована в Марийскую АССР. 21 июня 1937 года Чрезвычайным 11-м съездом Советов МАССР принята Конституция республики (утверждена ВС РСФСР 2 июня 1940 года).
Флагом республики согласно Конституции было красное полотнище с золотыми надписями: "РСФСР" и "Марийская АССР". Согласно информации российского флаговеда М.В.Ревнивцева Конституция 1937 года не содержала указаний на язык надписей. Не указывался язык и в законе о флаге 1954 года и в Положении о флаге 1956 года. Однако, автору настоящей статьи попадалась редакция Конституции Марийской АССР 1949 года. Там в статье 112 было указано, что надписи на флаге выполнены на русском и марийском языках (марийский текст названия республики в 40-х - 60-х годах звучал как "Марийский АССР").
После изменения флага РСФСР соответствующим образом изменился и марийский флаг. Это было оформлено законом от 19 июня 1954 года. После изменения флага РСФСР соответствующим образом изменился и марийский флаг. Это было оформлено законом от 19 июня 1954 года. Как и в РСФСР флагом стало красное полотнище с голубой полосой вдоль древка, ширина полосы - 1/8 длины полотнища, на красном поле у древка золотые серп и молот, красная звезда с золотой каймой и название республики по-русски.
Положение о Государственном флаге Марийской Автономной Советской Социалистической Республики утверждено Указом Президиума Верховного Совета Марийской АССР от 6 февраля 1956 года.
24 октября 1978 года Президиумом ВС Марийской АССР издан Указ о Государственном флаге МАССР, который утверждён Законом МАССР 26 декабря 1978 года. В 1981 году утверждена новая редакция Положения о флаге МАССР. На флаг добавился текст названия республики на марийском языке - "Марий АССР".
Новая редакция флага была окончательно закреплена в статье 158 Конституции МАССР, утверждённой внеочередной IX сессией Верховного совета республики IX созыва 27 мая 1978 года.
В конце 1980-х годов слово "автономная" было удалено из названия республики.
В октябре 1990 года 3-я сессия Верховного Совета Марийской ССР приняла Декларацию о государственном суверенитете. Новым названием стало "Марийская ССР-Марий Эл". ". В июле 1992 года было утверждено название Республика Марий Эл.
Летом 1992 года красный флаг советского образца был заменён на российский триколор на всех правительственных зданиях.
Вскоре началась работ по созданию новой государственной символики.
В.Акцорин и И.Ефимов предлагали признать национальными красно-коричневый, жёлтый и белый цвета. Жёлтый они считали символом солнца – прародителя жизни в верованиях марийцев. Как сообщал в своей статье в журнале "Наука и жизнь" В.Сапрыков, согласно древним верованиям марийцев мир был создан из коричневой глины, солнце возникло из яйца, снесённого богиней-прародительницей уткой Илматаюрт.
Историк Г.Н.Айплатов предложил проект с изображением тотемного существа финно-угров - птицы.
Народная партия предложила сделать главным элементом флага "дерево жизни" - стилизованный национальный орнамент. (информация о проектах флага взята из статьи В.Сапрыкова в журнале "Наука и жизнь")
Проект Г.Булыгина и В.Казакова: три полосы, небесно-голубая, белая и зелёная, в центре красно-коричневая эмблема. Этот проект был признан лучшим и рассматривался Верховным советом, но депутаты решили, что сочетание синего, белого и зелёного слишком распространено на появившихся в 1990-х годах флагах постсоветского пространства. Именно такая гамма была выбрана для флагов Коми, Башкортостана, Узбекистана. Пришлось искать другие цветовые сочетания.
Верховный Совет республики 3 сентября 1992 года своим Постановлением утвердил флаг Марий Эл, а другим Постановлением - Положение о нём. Государственный флаг Республики Марий Эл представляет собой прямоугольное полотнище, состоящее из горизонтальных полос: верхней "лазоревой", средней - белой (ширина которой вдвое больше остальных) и нижней - "алой". Отношение ширины флага к его длине равно 1:2. В левой части у древка на белой полосе изображен фрагмент марийского национального орнамента, вписывающийся в квадрат со сторонами, составляющими 1/4 ширины флага и надпись "Марий Эл" красно-коричневого цвета. Геометрический центр орнамента отстоит от древка на 1/2 и от нижней кромки лазоревой полосы - на 1/5 ширины флага. Ширина полос орнамента - 1/50 ширины флага.
На оборотной стороне полотнища эмблемы и надписи нет.
Авторы флага: Г.Н.Булыгин и А.А.Данилов.
Президент Республики Марий Эл Вячеслав Кислицын утвердил своим Указом официальные символы президентской власти республики. И в их числе штандарт (флаг) президента.