21 апреля 1921 года в Дальневосточной Республике (ДВР) была создана Бурят-Монгольская автономная область, частью которой был Агинский аймак. После вхождения ДВР в РСФСР, Бурят-Монгольская автономная область была 30 мая 1923 года объединена с Монголо-Бурятской автономной областью (создана 9 января 1922 года на части территории Иркутской губернии РСФСР) в Автономную Бурят-Монгольскую ССР. После принятия в 1936 году новой Конституции СССР, 26 сентября 1937 года из состава Восточно-Сибирского края была выделена Бурят-Монгольская АССР, а сам край разделен на Иркутскую и Читинскую области. При этом ранее входивший в состав Бурят-Монгольской АССР Агинский аймак был передан в состав Читинской области, как Агинский Бурят-Монгольский национальный округ. С 16 сентября 1956 года округ был переименован в Агинский Бурятский национальный округ. После принятия в 1977 году новой Конституции СССР национальный округ был переименован в автономный и стал называться Агинский Бурятский автономный округ. С принятием в 1993 году Конституции Российской Федерации автономный округ получил статус субъекта РФ.
10 декабря 1996 года после официальной публикации в газете "Агинская правда" №133 вступил в силу подписанный 29 ноября 1996 года главой Администрации АБАО Б.Аюшиевым принятый 27 ноября постановлением №9 Бурятской окружной Думой - Парламентом Закон Агинского Бурятского автономного округа №1 "О гербе и флаге Агинского Бурятского автономного округа"
Официальная церемония поднятия флага округа состоялась в его центре - поселке Агинское 11 декабря 1996 года.
В статье 7 указанного закона был описан флаг округа: флаг представлял собой полотнище из четырех равных по ширине полос. Одна из них, желтого цвета была расположена вдоль древка, а белая, синяя и красные полосы были расположены горизонтально (в виде Государственного флага Российской Федерации). В верхней части желтой полосы было помещено синее символическое изображение пламени, солнца и луны из верхней части “соембо” (см. флаг Республики Бурятия). Отношение ширины флага к его длине - 2:3. Автором флага являлся Батожаргал Шагдаров.
Ксерокопии официальных документов, включая цветные изображения герба и флага, были предоставлены М.В.Ревнивцеву первым заместителям главы Администрации Агинского Бурятского АО Б.Рыгзыновы с письмом от 08.04.1999г. № БР-02-182/03
Принятый в 1996 году флаг Агинского Бурятского автономного округа не соответствовал Федеральному конституционному закону от 25.12.2000 №2-ФКЗ "О Государственном флаге Российской Федерации", в статье 8 которого содержится требование того, что: "…Государственный флаг Российской Федерации не может использоваться в качестве геральдической основы флагов субъектов Российской Федерации…".
Законом АБАО от 06 июля 2001 года №205-ЗАО было изменено описание флага округа в статье 7 закона Бурятского автономного округа от 29 ноября 1996 №1 «О гербе и флаге Агинского Бурятского автономного округа" и теперь описание флага округа гласит:
"Флаг Агинского Бурятского автономного округа представляет собой прямоугольное полотнище из трёх равновеликих вертикальных полос: левой – синего, средней – жёлтого и правой – белого цветов.
В левом верхнем углу полотнища расположен символ соёмбо, верхняя точка которого в середине синей полосы на расстоянии 1/20 ширины флага от верхнего края полотнища. Соёмбо – это символическое изображение горящего пламени, как источника жизни человечества, жёлтого цвета, размером: высота 1/3 ширины флага, диаметр круга – 1/6 ширины флага.
Отношение ширины флага к его длине – 2:3"
Новая редакция закона о флаге и гербе автономного округа вступила в силу после официального опубликования 28 августа 2001 года в газете «Агинская правда» №101-102. Автором нового флага является Бато Галсанович Дампилон, житель села Тантанай Дульдургинского района автономного округа.
Ксерокопию аутентичного текста закона в новой редакции, сведения о внесении изменений, об официальном опубликовании и авторе флага предоставил М.В.Ревнивцеву председатель Правового Комитета Администрации Агинского Бурятского автономного округа Б.Б.Цыбикжапов с письмом от 09.01.2003 №БЦ-11-09/04
Новый флаг автономного округа полностью повторяет флаг Республики Бурятия, но только цветные полосы расположены вертикально и равны по ширине. Изображение флага взято с официального сайта Администрации Агинского Бурятского автономного округа WWW.AGINSKOE.RU, на котором также размещено следующее официальное разъяснение символики флага:
"Синий цвет (на бурятском языке - хухэ) символизирует вечность, свободу, чистоту природы, уважение, доброе отношение, мир и согласие между людьми, поэтому высоким гостям, старейшинам в знак глубокого уважения и почтения, благословения, счастья и долголетия преподносили синий шарф хадак из шелковой ткани.. В глубокой древности, если враждующие монгольские племена обменивались синими хадаками - это означало примирение сторон и воцарение мира в родных степях на долгие годы.
Желтый цвет (на бурятском - шара) был не менее почитаем у монголоязычных народов и в сочетании с синим цветом символизировал единство Неба и Земли и всей Вселенной. Известный бурятский ученый Доржи Банзаров писал, что монголы почитали Небо мужским началом, а Землю - женским. Первое дарует жизнь, а второе придает форму. Так возникло в буддийской философии идея единства и взаимосвязи всей Вселенной, Неба и Земли и всех природных явлений. Желтый цвет - цвет ламаистской религии.
Белый цвет (на бурятском - сагаан) - символ честности, чистоты помыслов, благополучия, богатства, цвет молочной пищи, отсюда единственный у монголоязычных народов праздник называется «Сагаалган» и символизирует начало всего нового и чистого.
В верхнем левом углу синей полосы - соёмбо. Это символ огня, горящего пламени у монголоязычных народов, которые почитают огонь как источник жизни и символ очищения и оказывают ему большое уважение».