21 февраля 2002 года в Кремле президент Путин вручил Главнокомандующему Военно-Морским Флотом России адмиралу флота Владимиру Куроедову знамя Военно-морского флота России. Знамя представляет собой белое полотнище с синим косым крестом.

В начале января 1992 года Всеармейское офицерское собрание ходатайствовало о замене военно-морского флага СССР на военно-морской флаг России - андреевский флаг, а 16 января на встрече глав СНГ было решено поднять на кораблях бывшего СССР андреевские флаги, т.е. флаги правопреемницы СССР - России (суда, передаваемые другим государствам СНГ, поднимали флаги соответствующих государств). Затем были разработаны новые рисунки всех флотских флагов, и 21 июля 1992 года Президентом России был подписан Указ №798 об утверждении новых флагов. 26 июля новые флаги были торжественно подняты на кораблях ВМФ (за исключением Черноморского флота, статус которого ещё не был оговорен). Согласно Указу устанавливался военно-морской флаг России: белый с голубым андреевским крестом, новый гюйс (восстановленный дореволюционный вариант).

Прямой белый крест на гюйсе обычно трактуется как символ православия. Хотя, строго говоря, нигде это не зафиксировано официально. Пропорции полотнища: отношение ширины к длине - 2:3; ширина андреевского креста - 1/10 длины полотнища; ширина окантовки андреевского креста - 1/40 ширины ширины белого прямого креста - 1/20 ширины полотнища.

Согласно тому же Указу (21.7.1992) Гвардейские суда несут Андреевский флаг с изображением в нижней части Георгиевской ленты (связанной в бант). Длина гвардейской ленты - 11/12 ширины полотнища, ширина ленты - 1/20 ширины полотнища.

Орденский военно-морской и Гвадейский Орденский военно-морской флаги (21.7.1992) дополнены изображением Ордена (обычно ордена Красного Знамени) в кантоне.

Первоначально планировалось не изображать Георгиевскую ленту на полотнище, а прикрепить её к древку (флаг-фалу). Но позже решили, что на ветру лента может легко запутаться во флаг-фале.

Суда и катера вспомогательного флота ВМФ (21.07.1992) по традиции несут синий флаг с андреевским кантоном.

Гидрографические суда и поисково-спасательные суда (21.07.1992) также по традиции несут синие флаги с эмблемами соответствующих служб - маячным знаком и водолазным шлемом. Диаметр эмблемы (вместе с черной окантовкой) равен половине ширины полотнища.

"Цветные" флаги командиров флота скопированы с аналогичных флагов СССР, заменён лишь кантон. Флаги красные с Андреевским крестом в кантоне и белыми звёздами на полотнище:

На флаге командира соединения кораблей (21.07.1992) 1 белая звезда диаметром в четверть ширины флага;

на флаге командующего флотилией, эскадрой (21.07.1992) - 2 белых звезды, каждая диаметром в четверть ширины полотнища, расположенные в серединах четвертей флага;

на флаге командующего флотом (21.07.1992) - 3 белых звезды.

Министр Обороны Российской Федерации использует флаг, аналогичный гюйсу ВМФ, но в центре в лавровом венке Государственный герб России.

Начальник Генерального Штаба Вооружённых Сил Российской Федерации использует такой же флаг, но вместо орла - два скрещеных красных якоря.

По такому же принципу сделаны флаги высших функционеров флота, только вместо гюйса за основу взят Андреевский флаг.

В центре флага Командующего Военно-Морским флотом (21.07.1992) - Государственный герб (орёл) в золотистом лавровом венке, перевязанном золотистой лентой с развевающимися концами.

Наибольший диаметр лаврового венка равен 6/7 ширины флага.

На флаге Начальника Главного Штаба ВМФ (21.07.1992) - два скрещенных красных адмиралтейских якоря, обрамленные лавровым венком золотистого цвета, перевязанным золотистой лентой с развевающимися концами.

Наибольший диаметр лаврового венка равен 6/7 ширины флага. Высота якоря - 3/5 ширины якоря.

Вымпел военных кораблей (21.07.1992) представляет собой "узкую коническую полосу красного цвета, с косицами, имеющую у шкаторины военно-морской флаг уменьшенного размера". Отношение длины вымпела к ширине флага в головке вымпела - 30:1 (на катерах 12:1); длина выреза косиц - 1/7 длины вымпела, растворение косиц - половина ширины вымпела.

Брейд-вымпел командира соединения кораблей (21.07.1992) - представляет собой военно-морской флаг уменьшенного размера с коническим полотнищем и косицами красного цвета. Отношение длины брейд-вымпела к ширине равно 5:1. Длина выреза косиц равна длине флага. Растворение косиц равно 1/2 ширины флага.

Брейд-вымпел командира дивизиона кораблей (21.07.1992) - представляет собой военно-морской флаг уменьшенного размера с коническим полотнищем и косицами синего цвета. Отношение длины брейд-вымпела к ширине равно 5:1. Длина выреза косиц равна длине флага. Растворение косиц равно 1/2 ширины флага.

Брейд-вымпел старшего на рейде (21.07.1992) - представляет собой военно-морской флаг уменьшенного размера с прямоугольным полотнищем и косицами белого цвета. Отношение длины брейд-вымпела к ширине равно 5:1. Длина выреза косиц равна длине флага.